故事发生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出现了《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空竟出现了倒立的另一个世界。

ゲーム会社「マキナビジョン」の社長、ジョニー・マキシマが、仮面ライダー風魔と忍者プレイヤーたちを使って、新たなバグスターウィルスを撒き散らした!「マキナビジョン」の幹部・南雲影成がゲームプレイヤーに選んだのは難病で余命いくばくもない少女・まどか。新型ウィルスに感染した人々はみな昏睡状態に陥り、仮想現

在地球某个鲜为人知的角落，埋藏着一个古老文明的遗址——帕拉吉。帕拉吉如同至高无上的封印，截断了通往地狱的恐怖之路。而这一天，被蓬勃欲望所驱使的黑崎（マイケル富岡饰）解开了封印，将可怕的阎魔兽赛葛古带到了人间。正义使者艾克斯奥特曼挺身而出，谁知他竟被赛葛古的地狱之光所包围，最终消失。Xio的成员们追随

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2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。