18世纪初，日本正处于德川幕府统治时期。是时一种名为“赤面疱疮”的恶疾在岛内流行，患病者无一例外皆为男性，此恶疾顽固难治，致令死亡人数不断攀升，更令日本国内男女比例严重失调。居住在江户的旗本武士水野家家境贫困，为帮父母缓解压力，19岁的少年武士祐之进（二宫和也饰）作别青梅竹马阿信（堀北真希饰），决然

天才物理学家汤川学（福山雅治饰）此次又受内海薰（柴崎幸饰）所托，调查一件不可思议命案。受害人富樫慎二被发现死在河边，面目指纹尽毁。最大的嫌疑人是他的前妻花冈靖子（松雪泰子饰），然而靖子却有着完美的不在场证明。一个人能够同一时间出现在不同地方吗？当汤川发现住在靖子隔壁的是当年的大学同学、同为天才的数学

　　影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。