在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“

　　东叶月（能登麻美子 配音）爱上了身为同性的初美（清水爱 配音），然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝（小林沙苗 配音）的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活